"พระองค์ดำ" เป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระมหาธรรมราชาและพระวิสุทธิกษัตริย์ พระราชธิดาของสมเด็จพระมหาจักรพรรดิและสมเด็จพระศรีสุริโยทัย เสด็จพระราชสมภพเมื่อ พ.ศ. 2098 ที่พระราชวังจันทน์ เมืองพิษณุโลก พระองค์มีพระเชษฐภคินี คือ พระสุพรรณกัลยา และพระอนุชา คือ สมเด็จพระเอกาทศรถ (พระองค์ขาว)
ขณะทรงพระเยาว์ พระองค์ทรงใช้ชีวิตอยู่ในพระราชวังจันทน์ เมืองพิษณุโลก จนกระทั่ง พระเจ้าบุเรงนองยกทัพมาตีเมืองพิษณุโลกในสงครามช้างเผือก สมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราช เจ้าเมืองพิษณุโลก ยอมอ่อนน้อมต่อหงสาวดีจึงทำให้พิษณุโลกต้องแปรสภาพเป็นเมืองประเทศราชของหงสาวดีและไม่ขึ้นต่อกรุงศรีอยุธยา พระเจ้าบุเรงนองทรงขอพระนเรศวรไปเป็นองค์ประกันที่หงสาวดีในปี พ.ศ. 2107 ทำให้พระองค์ต้องจากบ้านเกิดเมืองนอนตั้งแต่มีพระชนมายุเพียง 9 พรรษา
การที่ได้เสด็จไปประทับอยู่หงสาวดีถึง 6 ปีนั้น เป็นประโยชน์ยิ่งเพราะทรงทราบทั้งภาษา นิสัยใจคอ ตลอดจนล่วงรู้ความสามารถของพม่า ซึ่งนับเป็นทุนสำหรับคิดอ่านเพื่อหาหนทางในการต่อสู้กับพม่าเมื่อวันขึ้น 1 ค่ำ เดือน 6 ปีวอก พ.ศ. 2127 เมื่อทราบว่า พระเจ้าหงสาวดีคิดประทุษร้ายต่อพระองค์ พระนเรศวรฯจึงทรงหลั่งน้ำลงสู่แผ่นดินด้วยสุวรรณภิงคาร (พระน้ำเต้าทองคำ) ประกาศแก่เทพยดาฟ้าดินว่า
"ด้วยพระเจ้าหงสาวดี มิได้อยู่ในครองสุจริตมิตรภาพขัตติยราชประเพณี เสียสามัคคีรสธรรม ประพฤติพาลทุจริต คิดจะทำอันตรายแก่เรา ตั้งแต่นี้ไป กรุงศรีอยุธยาขาดไมตรีกับกรุงหงสาวดีมิได้เป็นมิตรร่วมสุวรรณปฐพีเดียวกันดุจดังแต่ก่อนสืบไป"
สมเด็จพระนเรศวร กับสมเด็จพระเอกาทศรถ เสด็จยกกองทัพออกจากพระนคร เมื่อวันพฤหัสบดี แรม 8 ค่ำ เดือนยี่ ปีมะโรง พ.ศ. 2148 เสด็จโดยกระบวนเรือจากพระตำหนักป่าโมก แล้วเสด็จขึ้นบนที่ตำบล เอกราชไปตั้งทัพชัย ณ ตำบลพระหล่อ แล้วยกกองทัพบกไปทางเมืองกำแพงเพชรสู่เมืองเชียงใหม่ ครั้นเสด็จถึงเมืองเชียงใหม่ก็หยุดพักจัดกระบวนทัพอยู่หนึ่งเดือน แล้วให้กองทัพสมเด็จพระเอกาทศรถยกไปทางเมืองฝาง ส่วนกองทัพหลวงยกไปทางเมืองหาง ครั้นเสด็จถึงเมืองหางแล้วก็ให้ตั้งค่ายหลวงประทับอยู่ที่ทุ่งแก้ว สมเด็จพระนเรศวรทรงพระประชวรเป็นหัวระลอก (ฝี) ขึ้นที่พระพักตร์ แล้วกลายเป็นบาดทะพิษพระอาการหนัก จึงโปรดให้ข้าหลวงรีบไปเชิญเสด็จสมเด็จพระเอกาทศรถมาเฝ้า สมเด็จพระเอกาทศรถเสด็จฯ มาถึงได้ 3 วัน สมเด็จพระนเรศวรก็เสด็จสวรรคต เมื่อวันจันทร์ ขึ้น 8 ค่ำ เดือน 6 ปีมะเส็ง ตรงกับวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2148 สิริพระชนมพรรษา 49 พรรษาเศษรวมสิริดำรงราชสมบัติ 14 ปีเศษสมเด็จพระเอกาทศรถจึงได้อัญเชิญพระบรมศพสมเด็จพระนเรศวรกลับกรุงศรีอยุธยา
สมเด็จพระนารายณ์มหาราชได้ทรงสร้างพระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรมหาราชไว้เป็นที่สักการบูชา ในสมัยรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชก็ได้โปรดให้สร้างไว้อีก พระบรมรูปของสมเด็จพระนเรศวรยังประดิษฐานไว้เป็นที่สักการบูชา อยู่ในพระที่นั่งภานุมาศจำรูญ (ปัจจุบันคือ พระที่นั่งบรมพิมาน) จนทุกวันนี้ มีการสร้างพระบรมราชานุสรณ์ของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชในหลายแห่งทั่วประเทศ เช่น พระบรมราชานุสรณ์ศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ณ พระราชวังจันทน์ จังหวัดพิษณุโลก, ศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ณ โรงเรียนพิษณุโลกพิทยาคม จังหวัดพิษณุโลก, พระบรมราชานุสรณ์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ณ ค่ายสมเด็จพระนเรศวรมหาราช จังหวัดพิษณุโลก, พระบรมราชานุสรณ์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ณ มหาวิทยาลัยนเรศวร จังหวัดพิษณุโลก, พระบรมราชานุสรณ์ดอนเจดีย์ จังหวัดสุพรรณบุรี, ศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราชที่ริมหนองบัวลำภู ในจังหวัดหนองบัวลำภู เป็นต้น
ตราประจำจังหวัดของไทยที่มีพระบรมรูปของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชเป็นองค์ประกอบ ได้แก่ จังหวัดสุพรรณบุรี จังหวัดตาก และจังหวัดหนองบัวลำภูมีการนำพระนามของสมเด็จพระนเรศวรมหาราขไปตั้งเป็นชื่อของมหาวิทยาลัยนเรศวร จังหวัดพิษณุโลก[54][55] และค่ายทหารต่าง ๆ ทั่วประเทศ เช่น ค่ายสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ที่จังหวัดพิษณุโลก ค่ายนเรศวร ที่จังหวัดลพบุรี ค่ายนเรศวรมหาราช ที่อำเภอแม่แตง จังหวัดเชียงใหม่ เป็นต้น ส่วนทางกรมตำรวจได้นำพระนามของพระองค์มาตั้งเป็นชื่อค่ายตำรวจตระเวนชายแดนที่อำเภอชะอำ จังหวัดเพชรบุรีว่า "ค่ายนเรศวร" ด้วยเช่นกัน
ศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช มีอยู่หลายแห่ง เช่น ที่สนามนเรศวร หน้าศูนย์ราชการอำเภอเมืองหนองบัวลำภู กล่าวกันว่าสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ได้เคยมาประทับแรมที่หนองบัวลำภูเมื่อ พ.ศ. 2117 ศาลอีกแห่งหนึ่งคือที่จังหวัดหนองบัวลำภู ปั้นโดยกรมศิลปากร เมื่อ พ.ศ. 2511 ตั้งอยู่ในบริเวณพิพิธภัณฑ์สุสานหอยหิน 150 ล้านปี ในเขตองค์การบริหารส่วนตำบลโนนทัน อำเภอเมืองหนองบัวลำภู