หลายปีต่อมา เมื่อสมเด็จพระนเรศวรทรงประกาศอิสรภาพและเริ่มทำศึกกับหงสาวดีอีกครั้ง ทางด้านนักพระสัตถา พระเจ้ากรุงละแวก ทรงเห็นว่า อโยธยากำลังจะเข้มแข้งขึ้น จึงมาขอผูกไมตรีด้วย โดยในศึกพระเจ้าเชียงใหม่ ทางกรุงละแวกได้ส่ง พระศรีสุพรรณนำทัพมาช่วยรบ(ฉากนี้อยู่ในภาพยนตร์ พระนเรศวร ภาค 3)  แต่เมื่อถึงคราวออกรบ พระศรีสุพรรณกลับมิได้นำทหารเข้าช่วยอโยธยารบกับทัพเชียงใหม่ หากแต่ให้ตั้งทัพเฉยอยู่ จนเมื่อทัพพระเจ้าเชียงใหม่แตกพ่ายไปแล้ว พระศรีสุพรรณจึงให้ไพร่พลเข้าไล่จับเชลยและเก็บทรัพย์สินของทัพเชียงใหม่ เพื่อส่งกลับไปละแวก

.

         ต่อมาเมื่อ พระเจ้านันทบุเรงทรงยกทัพใหญ่มาตีกรุงอโยธยา พระเจ้ากรุงละแวกทรงเห็นว่า คราวนี้ อโยธยาคงรับศึกเอาไว้มิได้ จึงได้ตัดไมตรี และส่งทัพเข้ามาโจมตีนครราชสีมา แต่ถูกฝ่ายอโยธยารุกไล่จนล่าถอยไป

.

         การที่ละแวกตระบัดสัตย์ ลอบโจมตีอโยธยาในยามติดศึกหงสาวดี ทำให้พระนเรศวรทรงพระพิโรธเป็นอย่างมาก และทรงมีดำริที่จะต้อปราบปรามเมืองละแวกให้จงได้

.

        โดยในพงศาวดารกัมพูชา ได้เล่าถึง เหตุการณ์ที่สมเด็จพระนเรศวรยกทัพไปตีกรุงละแวก ไว้ว่า อโยธยาได้ยกมาตีกรุงละแวกสองครั้ง โดยในครั้งแรกนั้น ทัพอโยธยามิอาจตีกรุงละแวกได้ เนื่องด้วยเทพยดาที่รักษาเมืองได้สำแดงอิทธิฤทธิ์ป้องกันพระนครเอาไว้ และที่สำคัญ คือ รอบกรุงละแวก มีป่าไผ่แน่นหนาขึ้นล้อมรอบตัวเมืองจนเหลือช่องทองให้ผ่านเข้าได้เพียงแคบๆ เป็นอุปสรรคขัดขวางยามที่ทัพอโยธยายกเข้าตีเมือง

.

          ดังนั้น สมเด็จพระนเรศวรจึงทรงมีพระบัญชาให้มหาดเล็กสองนาย ปลอมตัวเป็นพระภิกษุ ผู้มีวิทยาอาคมแอบแฝงตัวอยู่ในกรุงละแวก และแสดงคุณวิเศษให้ผู้คนหลงเชื่อ จากนั้นก็ให้หาโอกาสทำลายอิทธิฤทธิ์ของพระเสื้อเมืองทรงเมืองที่ปกปักษ์ รักษากรุงละแวกอยู่ พร้อมกันนั้น ก่อนที่พระองค์จะเสด็จนำทัพกลับ ก็ทรงมีพระบัญชาให้นำเงินแท่งมาหลอมเป็นกระสุนและระดมยิงเข้าไปในป่าไผ่เหล่านั้นเป็นอันมาก จากนั้นทัพอโยธยาจึงล่าถอยกลับไป
.

          ในเวลาต่อมา เมื่อชาวเมืองละแวกได้รู้เรื่องที่ทัพอโยธยายิงกระสุนเงินเข้าไปในป่า จึงพากันออกจากเมืองมาถางป่าไผ่เพื่อค้นหากระสุนเงินเป็นจำนวนมาก ทำให้ป่าไผ่ถูกทำลายไปเกือบหมด

.

          ในขณะนั้นเอง ภิกษุปลอมทั้งสองก็ได้ทำคุณไสยเพื่อทำลายอิทธิฤทธิ์ของพระเสื้อเมือง ทั้งยังลอบเข้าไปทำลายปืนใหญ่สำคัญๆที่ประจำอยู่ในบนเชิงเทินด้วย จากนั้น จึงลอบส่งข่าวไปแจ้งแก่ทางอโยธยา
.

          ครั้นเมื่อสมเด็จพระนเรศวรทรงทราบว่า อุบายที่วางไว้ประสบผลสำเร็จแล้ว พระองค์ก็เสด็จยกทัพมาอีกครั้ง โดยในครั้งนี้ กองทัพอโยธยาสามารถตีเมืองสำคัญของละแวกได้ทั้งสิ้น จากนั้นจึงยกเข้าล้อมเมืองละแวกเอาไว้อย่างแน่นหนา

.

          เมื่อ ละแวกหมดสิ้นป่าไผ่ที่เป็นปราการป้องกันเมืองไปแล้ว ประกอบกับปืนใหญ่สำคัญๆ ก็ถูกอุปนิกขิตของอโยธยาทำลายไป ทำให้กองทัพอโยธยา สามารถเข้าประชิดกำแพงเมืองได้ หลังจากนั้นไม่นาน กรุงละแวกก็เสียแก่กองทัพของสมเด็จพระนเรศวร 

.

          ซึ่งในสงครามครั้งนี้ พงศาวดารกัมพูชาและบันทึกของชาวต่างชาติร่วมสมัย กล่าวไว้ว่า กองทัพอโยธยาสามารถจับตัวพระศรีสุพรรณ อุปราช กรุงละแวกได้ ส่วนนักพระสัตถา พระเจ้ากรุงละแวกนั้น ทรงหนีไปลี้ภัยอยู่ในที่ชายแดนระหว่างล้านช้างกับละแวก และสิ้นพระชนม์ที่นั่น หลังจากนั้นไม่นานนัก