.จากหลักฐานใน พงศาวดารประวัติศาสตร์ของไทยและเอกสารของชาวต่างชาติหลายฉบับกล่าวไว้เป็น ความตรงกันว่า  ในช่วงปลายสมัยกรุงธนบุรีหลังศึกอะแซหวุ่นกี้ที่เมืองพิษณุโลกเสร็จสิ้นลง สมเด็จพระเจ้าตากสินทรงหันมาสนใจในทางวิปัสสนากรรมฐานและได้เสด็จไปนั่ง กรรมฐานที่วัดบางยี่เรือเป็นประจำ จนเริ่มละเลยราชกิจ

…..ต่อมาเกิดเหตุ วุ่นวายทางกัมพูชาซึ่งเป็นประเทศราชจึงทรงให้สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึก และเจ้าพระยาสุรสีห์ผู้เป็นน้องชายพร้อมกับพระเจ้าลูกเธอพระองค์ใหญ่กรมขุน อินทรพิทักษ์นำไพร่พลสองหมื่นไปปราบ

…..หลังกองทัพยกออกไป ไม่นานนักพระเจ้ากรุงธนบุรีเกิดทรงสำคัญพระองค์ว่าทรงบรรลุธรรมถึงขั้น โสดาบันแล้ว จึงได้ทรงเรียกประชุมเหล่าสงฆ์อันเป็นพระราชาคณะทั้งหลายและมีพระดำรัสถาม ว่า “พระภิกษุสงฆ์ซึ่งเป็นปุถุชนนั้นจะกราบไหว้คฤหัสถ์ที่เป็นพระโสดาบันได้หรือ ไม่” บรรดาพระราชาคณะทั้งหลายมีความกลัวเกรงจึงถวายพระพรว่าไหว้ได้ แต่สมเด็จพระสังฆราช(ศรี)วัดบางหว้าใหญ่(วัดระฆัง) และพระราชาคณะอีกสองสามรูป ถวายพระพรว่า “ไหว้ไม่ได้” สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงได้ฟังก็พิโรธ จึงให้ถอดเสียออกจากสมณศักดิ์และให้ลงอาญาพร้อมกับจำขังไว้ที่วัดหงส์ นับแต่นั้นยามที่พระสงฆ์เข้าเฝ้าก็ต้องหมอบกราบถวายบังคมเยี่ยงเดียวกับข้า ราชการฝ่ายฆราวาสทั้งปวง

…..สิ่งที่เกิดขึ้นทำ ให้ผู้คนพลเมืองบังเกิดความสลดใจและก่อให้เกิดระส่ำระสายไปทั่ว เมื่อเรื่องดังกล่าวไปถึงสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกซึ่งในยามนั้นกำลัง ทำสงครามอยู่ที่ประเทศกัมพูชา ทำให้ท่านแม่ทัพใหญ่เป็นกังวลว่าบ้านเมืองจะ วุ่นวาย จึงได้ให้พระยาสุริยอภัย ผู้เป็นหลานยกกำลังส่วนหนึ่งกลับมาระวังเหตุอยู่ที่นครราชสีมาโดยกำชับว่า หากเกิดจลาจลเมื่อใดให้นำกำลังเข้ากรุงธนบุรีเพื่อรักษากรุงไว้

…..ในขณะที่ภายในกรุง ธนบุรีกำลังระส่ำระสายนั้นเอง การกบฎก็ได้เกิดขึ้นก่อนที่กรุงเก่า โดยในยามนั้นได้มีการขุดสมบัติที่ได้ถูกฝังเอาไว้ก่อนเสียกรุง ทั้งนี้ผู้ ที่จะไปขุดต้องประมูลเสียเงินให้กับทางการโดยมีพระยาวิชิตณรงค์เป็นผู้รับ ผิดชอบในการนี้ ทว่าพระยาวิชิตณรงค์และพวกกลับกระทำการโดยมิชอบบังคับรีดไถ เงินราษฎรเอาตามอำเภอใจจนผู้คนเดือดร้อนไปทั่ว

…..ในที่สุดบรรดาผู้ ที่ไม่พอใจได้รวมตัวกันก่อกบฎโดยมี ขุนสระ ขุนแก้ว และนายบุนนาค บ้านแม่ลาเป็นหัวหน้า  คุมพรรคพวกเข้าปล้นจวนพระยาอินทรอภัยผู้รักษากรุงเก่าและสังหารเสีย

…..สมเด็จพระเจ้ากรุง ธนบุรีได้ทรงให้พระยาสรรค์ไปปราบกบฎนี้แต่ทว่าพระยาสรรค์ก็ได้ไปเข้ากับพวก กบฏเสีย เนื่องด้วยว่าขุนแก้วหนึ่งในหัวหน้ากบฎนั้นเป็นน้องชายของพระยาสรรค์ จากนั้นพวกกบฎก็ได้ยกกำลังมายึดพระนครและคุมตัวพระเจ้ากรุงธนบุรีพร้อมกับ บรรดาเชื้อพระวงศ์และขุนนางผู้ใหญ่เอาไว้ได้ โดยพระยาสรรค์ได้อ้างว่าจะรักษากรุงไว้รอสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกกลับ มา

…..อันที่จริงแล้ว พระยาสรรค์นั้นมีใจคิดเป็นใหญ่เสียเองแต่ขัดด้วยบารมียังไม่พอจึงคิดจะให้ เกิดเหตุจลาจลขึ้นเพื่อจะได้ถือโอกาสนี้ตั้งตนเป็นใหญ่ จึงให้ปล่อยตัวบรรดานักโทษทั้งหลายที่ถูกจำขังไว้ออกมา นักโทษเหล่านั้นเมื่อออกมาได้ด้วยความเจ็บแค้นก็เที่ยวไล่ฆ่าฟันพวกโจทก์ที่ เคยฟ้องร้องตนทำให้กรุงธนบุรีตกอยู่ในสภาพเป็นจลาจลเกิดฆ่าฟันกันไปทั่ว

…..ต่อมา ครั้นพระยาสรรค์ทราบเรื่องว่าทัพพระยาสุริอภัยกำลังยกเข้ากรุงแล้ว จึงกลัวว่าแผนการของตนที่จะเป็นใหญ่จะไม่สัมฤทธิ์ผล จึงได้ไปเกลี้ยกล่อมให้พระเจ้าหลานเธอของกรมขุนอนุรักษ์สงคราม และขุนนางผู้ใหญ่อีกหลายคนให้เข้าร่วมด้วย จากนั้นก็ให้กรมขุนอนุรักษ์สงครามนำกำลังไปลอบโจมตีกองกำลังของพระยาสุริย อภัย ซึ่งยามนั้นได้มาที่ตั้งค่ายอยู่ที่บ้านสวนมังคุด

…..แต่ก่อนที่ฝ่ายกบ ฎจะตีค่ายบ้านสวนมังคุดแตก เจ้านางศรีอโนชาท่านผู้หญิงของเจ้าพระยาสุรสีห์ ก็ให้พระยามหาโยธา(เจ่ง) นำกองอาทมาต รามัญและไพร่พลของท่านเองยกไปช่วยพระยาสุริยอภัยรบกับพวกกบฎ ทำให้กองกำลังของกรมขุนอนุรักษ์สงครามถูกตีแตกพ่ายไปและภายหลังก็ถูกจับตัว ได้

…..จากนั้นพระยาสุริย อภัยได้จับพวกก่อการทั้งหมดและควบคุมกรุงธนบุรีเอาไว้เพื่อรอสมเด็จเจ้า พระยามหากษัตริย์ศึกกลับมา โดยหลังจากทราบเรื่องการกบฏแล้ว สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกก็ได้มอบหมาย การศึกในกัมพูชาให้เจ้าพระยาสุรสีห์ผู้เป็นน้องชายทำหน้าที่บังคับบัญชาแทน แล้วรีบยกทัพกลับกรุงธนบุรี

…..เมื่อมาถึงแล้ว สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกได้ร่วมกับเหล่าข้าราชการทั้งปวงประชุม พิพากษาโทษพวกกบฏทั้งหมดและให้สำเร็จโทษจนสิ้น ส่วนพระเจ้ากรุงธนบุรีนั้น เหล่าขุนนางทั้งปวงต่างเห็นพ้องต้องกันว่าทรงเป็นเหตุแห่งความวุ่นวายทั้ง หมดจึงมีมติให้สำเร็จโทษเสียด้วย
.
…..โดยได้นำพระองค์ไปสำเร็จโทษที่ป้อมวิชัยประสิทธิ์ เมื่อวันที่ 6 เมษายน พุทธศักราช 2325
.
…..สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชผู้ทรงกอบกู้แผ่นดินไทย จึงได้เสด็จสวรรคตในขณะที่มีพระชนมายุได้ 48พรรษาและครองราชย์รวมทั้งสิ้น 15 ปี
.
…..อย่างไรก็ดี สำหรับเรื่องการเสด็จสวรรคตของสมเด็จพระเจ้าตากสินนั้นมีเอกสารบางแห่งและ ตำนานพื้นบ้านของทางใต้เล่ากันว่าสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีไม่ได้ถูกสำเร็จ โทษในครั้งนั้น แต่ได้ทรงไปผนวชอยู่ที่วัดแห่งหนึ่งในจังหวัดนครศรีธรรมราชและสวรรคตที่นั่น ในภายหลัง
.
…..ฝ่ายเจ้าพระยาสุรสีห์ ซึ่งรั้งทัพอยู่ที่กัมพูชานั้น เมื่อทราบเรื่องทั้งหมดจึงได้ให้ทัพกัมพูชาที่บัดนี้ยอมจำนนแล้ว เข้าล้อมทัพของกรมขุนอินทรพิทักษ์ไว้และได้นำกองทัพที่เหลือกลับกรุงธนบุรี แต่กรมขุนอินทรพิทักษ์ก็ตีฝ่าแหวกวงล้อมของทัพเขมรออกมาได้แล้วยกทัพเข้ามา จนถึงปราจีนบุรี ทว่าในที่สุดก็พ่ายแพ้และได้ถูกจับตัวส่งมายังกรุงธนบุรีก่อนจะถูกนำตัวไป สำเร็จโทษในเวลาต่อมา

…..หลังจากนั้นเมื่อ ความวุ่นวายทั้งหลายจบสิ้นลงแล้ว เหล่าข้าราชการทั้งปวงจึงได้อัญเชิญสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกขึ้นเป็น พระมหากษัตริย์ปกครองแผ่นดินไทย โดยทรงพระนามว่า สมเด็จพระบรมราชาธิราชรามาธิบดี ศรีสินทร บรมจักรพรรดิราชาธิบดินทร์ แต่ผู้คนในรุ่นหลังรู้จักในพระนาม สมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก