หลัง จากสมเด็จพระมหาอุปราชาเมงจีสวา ยกทัพมาทำศึกกับพระนเรศแห่งอโยธยาและทรงพ่ายแพ้จนสิ้นพระชนม์ชีพในการทำ ยุทธหัตถีกับสมเด็จพระนเรศ อำนาจ ของหงสาวดีก็เริ่มเสื่อมถอยลง เนื่องจากเหล่าประเทศราชทั้งหลายแลเห็นเป็นที่ประจักษ์แล้วว่า บัดนี้ ดุลอำนาจแห่งดินแดนแหลมทองได้เปลี่ยนขั้วจากหงสาวดีไปสู่อโยธยาแล้ว 

หลังจากสมเด็จพระนเรศ หรือพระนเรศวร ทรงชนะศึกยุทธหัตถีในปี พ.ศ. 2135 พระเจ้านันทบุเรง ทรงเสียพระทัยกับการสิ้นพระชนม์ของพระมหาอุปราชาเมงจีสวาเป็นอันมาก และด้วยเหตุนี้ จึงยังมิได้ทรงแต่งตั้งพระโอรสองค์ใดองค์หนึ่งที่เหลือขึ้นเป็นพระมหาอุป ราชาพระองค์ใหม่

ครั้นต่อจากนั้นไม่ ถึงปี หงสาวดีก็ต้องเสียทวายและตะนาวศรีให้กับอโยธยา ครั้นถึงปี พ.ศ. 2137 หัวเมืองมอญภาคใต้คือเมืองเมาะลำเลิงก่อกบฏ หงสาวดีให้ทัพตองอูไปปราบ ทางพญาพะโรเจ้าเมืองเมาะลำเลิงจึงขอให้อโยธยาช่วย พระนเรศจึงทรงโปรดให้พระยาศรีไสลคุมทัพไปช่วยเมาะลำเลิง ทัพผสมอโยธยารามัญช่วยกันตึทัพตองอูแตกพ่าย จากนั้นหัวเมืองมอญภาคใต้ก็ย้ายข้างมาสวามิภักดิ์ต่ออยโธยา

เมื่อ ได้หัวเมืองมอญแล้ว พระนเรศจึงทรงเห็นเป็นโอกาสที่จะยกทัพมาตีหงสาวดีบ้าง พระองค์ได้เสด็จยกกองทัพหลวงไปตีเมืองหงสาวดี ในปี พ.ศ. 2138 ด้วยกำลังพล 120,000 คน โดยรวบรวมกองทัพมอญเข้ามาสมทบ จากนั้น ได้เสด็จยกทัพไปล้อมเมืองหงสาวดีไว้ ทัพอโยธยาล้อมเมืองอยู่ 3 เดือน และได้เข้าปล้นเมืองครั้งหนึ่ง แต่เข้าเมืองไม่ได้  

ครั้นเมื่อสมเด็จพระนเรศทรงทราบว่าพระเจ้าแปร พระเจ้าอังวะ พระเจ้าตองอู ได้ยกกองทัพลงมาช่วยพระเจ้าหงสาวดีถึงสามเมือง ทรงเห็นว่าข้าศึกมีกำลังมากนัก จึงทรงให้เลิกทัพกลับ เมื่อวันสงกรานต์ เดือน 5 ปี พ.ศ. 2139 และได้กวาดต้อนครอบครัวในเขตมณฑลหงสาวดี มาเป็นเชลยเป็นอันมาก โดยกองทัพข้าศึกมิได้ยกติดตามมารบกวนแต่อย่างใด

แม้ ครั้งนี้ อโธยาจะตีหงสาวดีไม่ได้ แต่ก็ได้สร้างความแตกแยกครั้งใหญ่ให้เหิดขึ้น กล่าวคือ ในสงครามครั้งนี้ พระเจ้าอังวะ ซึ่งเป็นพระราชโอรสองค์ที่สามของพระเจ้านันทบุเรง กับ พระสังกะทัต กษัตริย์ตองอู ผู้เป็นพระราชนัดดาของพระเจ้านันทบุเรงได้ยกทัพมาถึงก่อนพระเจ้าแปร ซึ่งเป็นโอรสองค์รองของพระเจ้านันทบุเรง จึง ทำให้พระเจ้านันทบุเรงไม่พอพระทัยพระเจ้าแปรที่ยกทัพมาล่าช้า ประกอบกับพระสังกะทัตกราบทูลยุยง พระองค์จึงทรงแต่งตั้งพระเจ้าอังวะเป็นพระมหาอุปราชาพระองค์ใหม่ ทำให้พระเจ้าแปรที่กำลังเสด็จนำทัพมา ไม่พอพระทัยเป็นอันมากด้วยทรงหวังจะได้ตำแหน่งนี้อยู่

โดยนอกจากจะทรงโกรธพระราชบิดาแล้ว พระ เจ้าแปรยังโกรธพระสังกะทัตที่ไปสนับสนุนพระเจ้าอังวะซึ่งอ่อนอาวุโสกว่า พระองค์ด้วย พระเจ้าแปรจึงให้เบนเข็มนำทัพเข้าตีเมืองตองอูเพื่อแก้แค้นพระสังกะทัต ทว่าชาวตองอูป้องกันเมืองเข้มแข็ง ทัพแปรจึงตีเมืองไม่ได้ พระเจ้าแปรจึงยกทัพกลับและประกาศตนตั้งแข็งเมืองต่อหงสาวดี

ขณะเดียวทางเชียงใหม่ พระเจ้าเชียงใหม่มังนรธาสอกำลังมีปัญหากับล้านช้างที่เพิ่งตั้งตนเป็นเอกราช และทรงเห็นว่าหงสาวดีไม่อาจเป็นที่พึ่งต่อพระองค์ได้อีก จึงส่งราชทูตนำบรรณาการมาขอถวายสมเด็จพระนเรศและขอยอมเป็นเมืองประเทศราช อโยธยา ทำให้หงสาวดีต้องเข้าสู่ความแตกแยก โดยที่พระเจ้านันทบุเรงก็ทรงมิอาจแก้ไขอันใดได้

ต่อมาไม่นาน สมเด็จพระนเรศได้ทรงจัดทัพเพื่อเตรียมยกมาตีหงสาวดีอีกครั้ง ในคราวนี้ พระสังกะทัต กษัตริย์ตองอูทรงวางแผนการคิดเป็นใหญ่ โดยทางหนึ่งก็ทำทีเป็นขอสวามิภักดิ์อโยธยา ขณะเดียวกันก็แอบร่วมมือกับพระเจ้ายะข่ายทำกลลวงพระเจ้านันทบุเรงว่า ตองอูและยะข่ายจะยกมาช่วยป้องกันเมืองจากอโยธยา และได้สมคบคิดกับพระมหาอุปราชาพระองค์ใหม่เข้ายึดอำนาจในหงสาวดี กุมตัวพระเจ้านันทุบเรงไว้
จากนั้น พระสังกะทัตก็ลอบปลงพระชนม์พระมหาอุปราชาเสีย และให้นำพระเจ้านันทบุเรงไปไว้ยังเมืองตองอูส่วนหงสาวดีนั้น ถูกทัพยะข่ายเผาจนสิ้นซาก

ครั้น เมื่อ สมเด็จพระนเรศได้ยกทัพมาตีหงสาวดีและทรงทราบความทั้งหมด ก็ทรงพิโรธที่พระเจ้าตองอูใช้กลอุบายเช่นนี้ จึงทรงนำทัพไปล้อมตองอูไว้ใน ปีพ.ศ. 2142  ทัพอโยธยาล้อมเมืองนานถึงสองเดือนจนเสบียงขาดแคลนก็ไม่อาจตีเมืองได้ จึงต้องถอยทัพกลับมา

หลังจากอโยธยาถอยทัพกลับ ไป บรรดาหัวเมืองมอญที่ยังภักดีต่อพระเจ้านันทบุเรงคิดเห็นว่า พระเจ้าตองอูคิดไม่ซื่อควบคุมพระเจ้านันทบุเรงไว้ จึงชวนกันระดมทัพมาตีตองอู พระสังกะทัตต้องใช้อุบายปลอมราชสาส์นพระเจ้านันทบุเรงว่ากล่าว จนหัวเมืองเหล่านั้นล่าถอยกลับไป

นัก สร้าง ราชบุตร พระเจ้าตองอูเห็นว่า พระเจ้านันทบุเรงจะเป็นเหตุชักนำอันตรายมาสู่เมืองตองอู จึงแอบวางยาพิษปลงพระชนม์พระเจ้านันทบุเรงเสีย ฝ่ายพระเจ้าตองอูนั้นแต่เดิมตั้งพระทัยว่าจะใช้พระเจ้านันทบุเรงเป็นหุ่น เชิดเพื่อควบคุมอาณาจักร แต่เมื่อการณ์แปรเปลี่ยนไปเช่น นั้น จึงทรงให้ปล่อยข่าวว่า พระเจ้านันทุบเรงประชวรและสวรรคต โดยก่อนสวรรคตได้ทรงมีพระราชโองการแต่งตั้ง พระเจ้าตองอู สังกะทัต ขึ้นเป็นพระเจ้าหงสาวดีสืบต่อ แต่หามีหัวเมืองใดเชื่อถือไม่

ยามนั้น เจ้านะยองยัน โอรสองค์สุดท้องของบุเรงนองได้ประทับอยู่ที่อังวะ ชาวเมืองเห็นว่าทรงเป็นโอรสของพระเจ้าสิบทิศบุเรงนองและอนุชาของพระเจ้านันท บุเรงจึงพากันนับถือและยกขึ้นเป็นพระเจ้าอังวะองค์ใหม่ ฝ่ายพระสังกะทัตเห็นว่า อังวะกำลังจะเป็นภัยจึงส่งคนถือสาส์นไปขอความร่วมมือกับพระเจ้าแปรให้ช่วย กันปราบอังวะ

พระเจ้าแปรเห็นพ้อง ด้วยจึงแต่งทัพหมายไปสมทบกับตองอู เพื่อตีอังวะ ทว่าก่อนจะเคลื่อนทัพ ชาวเมืองได้ก่อจลาจลขึ้น พระเจ้าแปรหนีพวกก่อจลาจลจนพลัดตกน้ำและจมน้ำสิ้นพระชนม์ ส่วนพระสังกะทัตเมื่อทราบว่า แปรเกิดความวุ่นวายจึงนำทัพเข้าตีหมายยึดเมือง แต่ไม่สำเร็จจึงถอยทัพกลับ

ในเวลา นั้นเอง พระเจ้าอังวะ นะยองยัน ได้หมายพระทับจะสร้างความเป็นปึกแผ่นจึงนำทัพเข้าปราบปรามหัวเมืองไทใหญ่ ต่างๆและยกพลเลยมาถึงแสนหวีเมืองขึ้นของอโยธยา จนทำให้สมเด็จพระนเรศต้องยกทัพไปตีอังวะในปี พ.ศ.2148 ทว่าเมื่อทัพอโยธยาไปถึงเมืองห้างหลวง สมเด็จพระนเรศก็ทรงประชวรและสวรรคตที่นั่น ทำให้อโยธยาต้องยกทัพกลับ ส่วนพระเจ้านะยองยันก็สวรรคตในปีเดียวกันนั้น

ส่วนพระสังกะทัพ พระเจ้าตองอูนั้นต่อมาได้ขอสวามิภักดิ์ต่อพระเอกาทศรถ ทว่าภายหลังได้ถูกพระเจ้าอังวะพระองค์ใหม่ โอรสของพระเจ้านะยองยันยกทัพมาปราบปราม โดยทัพอังวะได้ตีเมืองตองูแตกและจับพระสังกะทัตประหารชีวิตเสีย