ในอดีต ญี่ปุ่นกับจีนเคยมีการติดต่อทางการทูตกัน จนกระทั่งมาถึงช่วงปลายราชวงศ์ถังของจีนในราวกลาง ศตวรรษที่เก้า ก็ได้ยกเลิกการติดต่อไป แต่ยังคงมีการทำการค้าระหว่างจีนและญี่ปุนในเขตตอนใต้ของจีนบ้าง

อย่างไรก็ดี โจรสลัดญี่ปุ่นได้ทำให้น่านน้ำ ดังกล่าวไม่ปลอดภัยสำหรับเรือสินค้า ขณะเดียวกันในเวลานั้น รัฐบาลญี่ปุ่นเอง ก็ไม่สนใจที่จะทำการค้ากับต่างประเทศ คือ จีนและเกาหลีมากนัก

ต่อมาในปี ค.ศ. 1268 กองทัพมองโกลนำโดยกุบไลข่าน (Kubilai Khan) เข้าครอบครองแผ่นดินจีนและคาบสมุทรเกาหลีทั้งหมด ในเวลานั้นจักรวรรดิมองโกลแผ่อาณาเขต กว้างขวาง นับแต่ลุ่มน้ำดานูบในยุโรปตะวันออก ดินแดนรัสเซีย ตะวันออกกลางและ เอเชียกลางจนถึงชายฝั่งตะวันออกของจีน

กุบไลข่าน

กุบไลข่านได้ก่อตั้ง ราชวงศ์หยวน (Yuan Dynasty ค.ศ. 1279 – 1368) เฉลิมพระนามใหม่ว่า จักรพรรดิหยวนซื่อจู่ ในเวลาเดียวกันญี่ปุ่นซึ่งมีเมืองหลวงที่เกียวโตตรงกับสมัยคามาคูระโดยอยู่ ในอำนาจการปกครองของโชกุนแห่งตระกูลโฮโจ

หลังกุบไลข่านครอง ราชย์ พระองค์ได้สั่งให้แว่นแคว้นใกล้เคียงส่งเครื่องราชบรรณาการเป็นการแสดงความ อ่อนน้อม ทว่าเมื่อทูตมองโกลมาถึงญี่ปุ่นและได้เรียกร้องเครื่องบรรณาการโดยสั่งให้ ญี่ปุ่นมอบดินและน้ำให้เพื่อเป็นเครื่องหมายว่าญี่ปุ่นจะยอมเป็นข้าขอบ ขัณฑสีมามองโกล ชาวญี่ปุ่นปฏิเสธ และจับทูตมองโกลโยนลงไปในบ่อน้ำ การหยามเกียรติ ครั้งนี้ ทำให้กุบไลข่านทรงพิโรธมาก พระองค์จึงมีพระบัญชาให้ระดมทหารมองโกล เกาหลี และจีน เพื่อโจมตีญี่ปุ่นทันที

สงครามครั้งแรก (ปี ค.ศ. 1274) : กุบไลข่านมีพระบัญชาให้ระดมกองทัพผสมมองโกล เกาหลี และจีน จำนวนพล 40,000 นาย ใช้เรือรบ 900 ลำ นอกจากนี้ยังมีการใช้ระเบิดอีกด้วย ซึ่งนับเป็นครั้งแรกที่ชาวญี่ปุ่นได้พบกับอาวุธชนิดนี้

กองทัพเรือมองโกล เคลื่อนพลในเดือนพฤศจิกายน จากที่มั่นในคาบสมุทรและเข้าประชิดอ่าวฮากาตะของเกาะเกียวชู (ปัจจุบัน คือ เมือง ฟูกูโอกะ) ทันทีที่กองทัพมองโกลยกพลขึ้นบก ก็ถูกโจมตีโดยกองทัพญี่ปุ่นจำนวน 10,000 นาย ที่ตั้งทัพรออยู่

ในการรบอันดุเดือดของ วันแรก ทัพมองโกลเป็นฝ่ายได้รับชัยชนะสามารถทำลายกองทัพญี่ปุ่นลงได้ จากนั้นกองทัพมองโกลได้ตั้งค่ายพักแรมบนเรือรบที่จอดทอด สมออยู่ในอ่าว ทว่าในคืนนั้นเอง พายุใหญ่ได้โหมกระหน่ำอ่าวฮากะตะ ทำให้เรือรบจมไปถึง 200 ลำ พร้อมกับทหารมองโกลอีก 13,500 นาย ทำให้กองทัพมองโกลต้องล่าถอยไปอย่างบอบช้ำ

สงครามครั้งที่สอง (ปี ค.ศ.1281) : จาก ความปราชัยเมื่อเจ็ดปีก่อน กุบไลข่านทรงไม่ยอมแพ้ พระองค์ได้มีพระบัญชาให้ระดม ทหารจำนวน 142,000 นาย เรือรบ 4,400 ลำ เพื่อทำลายญี่ปุ่นให้จงได้ ทางฝ่ายญี่ปุ่นเอง นับแต่สงครามเมื่อปี ค.ศ. 1274 ก็ได้เตรียมพร้อมที่จะรับมือกับการรุกรานที่จะเกิดขึ้นอีก โดยทางญี่ปุ่นได้สร้างกำแพงสูง 2.5 เมตร ยาว 20 กิโลเมตร ล้อมรอบอ่าวฮากะตะไว้ และในเดือนมิถุนายนปี ค.ศ. 1281 กองทัพมองโกลได้เคลื่อนทัพออกจากเกาหลีและมุ่งหน้าสู่คิวชู ทันทีที่ทราบข่าวศึกโชกุนได้สั่งระดมทหาร 40,000 นาย เพื่อรอรับมือข้าศึก

ทางฝ่ายมองโกลไม่ทราบ ข่าวการสร้างแนวกำแพง ดังนั้นกองทัพหน้าของมองโกลจึง ได้ยกพลขึ้นบกที่อ่าวฮากะตะ ตรงกับแนวกำแพงพอดี ทหารทั้งสองฝ่ายปะทะกันอย่างดุเดือดบริเวณชายฝั่งทะเล ทว่าการรบยังมิทันรู้แพ้ชนะ ฝ่ายมองโกลเล็งเห็นว่า การโจมตีแนวกำแพงจะทำให้เสียไพร่พลโดยไม่จำเป็น จึงได้ถอนกำลังและแล่นเรือไปทางตะวันตกของเกาะ เพื่อรวมพลกับกองทัพใหญ่ที่เพิ่งจะมาถึง

จากนั้นในเดือน กรกฎาคม กองทัพมองโกลได้เข้าโจมตีทากาชิ เพื่อใช้เป็นฐานทัพบุกเกาะคิวชู ในสงครามครั้งนี้ แม้พวกโจรสลัดญี่ปุ่นเองก็ยังได้รวบรวมกำลังช่วยโจมตีกองทัพเรือมองโกลด้วย

ขณะเดียวกันทางเกีย วโต องค์พระจักรพรรดิได้มีโองการให้เหล่าขุนนางและราษฎรทั่วญี่ปุ่น ช่วยกันบวงสรวงต่อเทพเจ้าในวิหารชินโตทั่วประเทศ เพื่อให้ปกป้องญี่ปุ่นจากภัยในครั้งนี้ การรบระหว่างสองฝ่ายดำเนินมาเรื่อย โดยที่ทางฝ่ายมองโกลแม้ว่าจะยังไม่พ่ายแพ้ แต่ก็ยังไม่อาจรุกคืบหน้าไปได้

จนกระทั่งถึงเดือน สิงหาคม ขณะที่กองทัพเรือมองโกลพักทัพที่ทากาชิ พายุใหญ่ก็ได้โหมกระหน่ำทัพเรือมองโกลอย่างหนักทำให้เรือรบ 4,000 ลำ จมลง พร้อมทั้งชีวิตทหารอีกมากกว่า 100,000 นาย กองทัพมองโกลเสียหายยับเยินจนต้องถอนทัพกลับจีน และกุบไลข่านก็สิ้นความพยายามที่จะยึดครองญี่ปุ่นโดยสิ้นเชิง ชาวญี่ปุ่นเรียกลมพายุที่ปกป้องประเทศในครั้งนี้ว่า ลมเทพเจ้า หรือ กามิกาเซ่ (Kamikaze)

ผลจากสงครามครั้งนี้ ทำให้ชาวญี่ปุ่นตระหนักถึงภัยจากการคุกคามจากแผ่นดินใหญ่ และ รัฐบาลญี่ปุ่นได้มองเห็นความสำคัญของคาบสมุทรเกาหลีในฐานะจุดยุทธศาสตร์ สำคัญของญี่ปุ่น นอกจากนี้การรุกรานครั้งนี้ทำให้รัฐบาลโชกุนญี่ปุ่นต้องเก็บภาษีอย่างหนัก เพื่อใช้จ่ายในการศึกอีกทั้งเหล่าขุนศึกที่ร่วมรบในสงครามก็ไม่ได้รับรางวัล ตอบแทนใด ๆ ทำให้เกิดความไม่พอใจในรัฐบาลและเพาะเชื้อแห่งการต่อต้านจนนำไปสู่ยุคเสื่อม ถอยและจุดสิ้นสุดของสมัยคามาคุระในที่สุด