นอกจากนี้ยังปฏิเสธหลังทวงถามหลายครั้ง จึงมอบหมายให้ทนายความ นำหลักฐานเอกสารสำนวนยื่นฟ้องต่อศาลจังหวัดนครพนม ในข้อหาฉ้อโกง ซึ่งผู้เสียหาย มีหลักฐานพร้อมนำสลิปการโอนเงินผ่านธนาคาร เข้าบัญชีโดยตรงให้พระใบฎีกาธีระยุทธและหลักฐานภาพถ่าย หลังเข้าไปขอพบเพื่อไกล่เกลี่ยทวงเงินคืน จนกระทั่งมีการต่อสู้คดีตามกฎหมายมาต่อเนื่อง โดยทางจำเลยได้เลื่อนนัดศาลจังหวัดนครพนม และหนีการนัดของศาล จึงได้ออกหมายจับตามกฎหมาย และตำรวจจึงสามารถติดตามจับกุมตัวได้ในที่สุด
ตรวจสอบพบว่าทางคณะสงฆ์อำเภอเรณูนครที่ดูแลรับผิดชอบได้ทำการถอดพระใบฎีกาธีระยุทธออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาส ตั้งแต่ปี 2554 และแต่งตั้งเจ้าอาวาสคนใหม่เป็นที่เรียบร้อย ซึ่งในการพิจารณาให้ลาสิกขานั้น จะต้องเป็นการพิจารณาของพระอุปัชฌาย์ ดำเนินการทางวินัยสงฆ์ต่อไป
เบื้องต้นในการดำเนินคดี พระใบฎีกาธีระยุทธได้ขอยื่นประกันตัววงเงินประกันที่ 1.4 แสนบาท ทำให้ไม่ถูกจับสึกและไม่ถูกควบคุมตัวโดย พร้อมนัดสืบวันที่ 21 ตุลาคม 2556
นายชัยสิทธิ์กล่าวว่า เคยมาทอดผ้าป่าที่วัดดังกล่าวเมื่อเดือน ก.พ.2552 โดยน้องชายแนะนำให้มาทำบุญวัดนี้ และรู้จักกับพระใบฎีกาธีระยุทธหรือชาวบ้านเรียก“หลวงปู่จ่อย” ชักชวนให้ร่วมสร้างพระประจำวันเกิด และพระประธานประจำวัด บอกว่าวัดต้องการใช้เงินหลายแสนบาท พร้อมเสนอว่ามีพระแม่อุมาเทวีทองคำแท้สูง 1 ฟุต มาค้ำประกันซึ่งจะนำไปมอบให้ภายหลัง จึงหลงเชื่อเนื่องจากเป็นเจ้าอาวาสที่ชาวบ้านศรัทธา และเป็นคนพื้นเพในละแวกนี้ จึงทะยอยโอนเงินให้กว่า 10 ครั้ง เป็นเงินจำนวนประมาณ 1 ล้านบาท ผ่านบัญชีส่วนตัวระบุชื่อ พระใบฎีกาธีระยุทธ
เชื่อว่าจะนำเงินไปทำนุบำรุงพระศาสนา ระหว่างนั้นมีเงินไม่เพียงพอ จึงปรึกษากับนางกัลยา บุญถนอม ภรรยาวัย 41 ปี โดยนำสร้อยคอทองคำ สร้อยข้อมือ ที่สะสมมาตลอดชีวิตน้ำหนักกว่า 60 บาท ออกมาขายโอนเงินเข้าบัญชีให้หลวงปู่จ่อยจนครบ 9 แสนบาท ตั้งแต่เดือน ก.พ.-ต้นเดือน เม.ย.2552 จนกระทั่งผ่านมาหลายเดือน ไม่เห็นและไม่ได้รับพระทองคำตามที่กล่าวอ้าง ทวงถามหลายครั้ง พระใบฎีกาธีระยุทธบ่ายเบี่ยงและไม่ยอมรับสายโทรศัพท์ จนกระทั่งวันที่ 28 ส.ค.2552 ได้เดินทางมาทวงถามอีกครั้งที่วัด พระรูปนี้ได้แต่หลบหน้าหนีเข้าไปหลบในกุฏิ จากนั้นได้มีชายฉกรรจ์กว่า 10 คน อ้างเป็นทหาร ตำรวจ คุ้มกันและขัดขวางไม่ให้เข้าพบ และขู่ฆ่าเอาชีวิตจึงรู้แล้วว่าถูกหลอก
เมื่อต้นเดือน ม.ค.2553 จึงได้ตั้งทนายเป็นโจทย์ยื่นฟ้องพระใบฎีกาธีระยุทธในข้อหาฉ้อโกง ที่ศาลจังหวัดนครพนมพร้อมประทับรับฟ้อง และมีการนัดไต่สวน แต่จำเลย ไม่มาตามนัดศาลจึงออกหมายจับ ซึ่งหลบหนีไปกบดานกว่า 2 ปี จนกระทั่งพบเบาะแสจึงประสานตำรวจจับกุมได้ อยากให้หน่วยงานเกี่ยวข้องในเรื่องของวินัยสงฆ์มาดูแลดำเนินการด้วย เนื่องจากเจ้าตัวยังไม่ลาสิกขา ทั้งนี้จึงฝากให้ประชาชนผู้ใจบุญอย่าหลงเชื่อ และเรียกร้องให้ผู้เสียหายอีกจำนวนมากออกมาแจ้งความดำเนินคดีกับพระนอกรีตนี้ด้วย