แม้ยุคของโชกุนและซามูไรจะผ่านเนิ่นนานมาแล้วหลายร้อยปี แต่ญี่ปุ่นในยุคปัจจุบัน ก็ยังหลงเหลือนินจาที่ยังคงมีชีวิตอยู่อย่างน้อย 1 หรือ 2 คน  การมีวิทยายุทธิ์ที่เหนือชั้นและอาวุธที่น่าทึ่ง ไม่ได้ความว่าจะทำให้พวกเขาสืบทอดความลับนั้นมาได้ถึงปัจจุบัน หรืออาจกล่าวได้ว่า 2 คนที่ว่านี้อาจเป็นคนสุดท้ายของประเทศก็ว่าได้

นินจายังคงเป็นบุคคลที่เป็นความลับพวกเขาทำหน้าที่เสมือนสายลับให้แก่โชกุน ในช่วงสมัยเปลี่ยนการปกครองของประเทศญี่ปุ่น นินจาถูกเปรียบเทียบกับซามุไร ขณะที่ซามุไรเปรียบเหมือนนักสู้ที่ต่อสู้เบื้องหน้า แต่นินจาเป็นนักสู้ที่ต่อสู้เบื้องหลัง อย่างไรก็ดี มีการกล่าวกันว่ากลุ่มคนบางคนเป็นทั้งนินจาและซามุไรพร้อมกัน

อาวุธของนินจามีลักษณะเป็นอาวุธที่ซ่อนไว้รวมถึงชูริเคน (ดาวกระจาย) โบะ (กระบอง) นินจาเคน (ดาบนินจาซึ่งเล็กกว่าคะตะนะของซามุไร) ฟุกิยะ (ไม้ซางลูกดอก) รวมถึง คุนะอิ (อาวุธคล้ายดาบแต่เป็นสี่เหลี่ยมด้านเท่าและสั้นกว่า)

ภารกิจของนินจาส่วนใหญ่ถูกปกปิดเป็นความลับ และมีเพียงการระบุในเอกสารราชการเพียงไม่กี่ชิ้น อาวุธรวมถึงวิธีการใช้ถูกส่งต่อกันสู่รุ่นต่อรุ่นด้วยวิธีการบอกเล่าแบบปากต่อปาก ดังนั้น สิ่งที่เราเห็นในภาพยนตร์ นวนิยาย และการ์ตูน จึงล้วนแต่เกิดจากจินตนาการของผู้สร้างล้วนๆ

หนังฮอลลีวู้ดเรื่อง Enter the Ninja และ American Ninja ได้มองนินจากว่าเป็นสุดยอดมนุษย์ ด้วยการทำให้นินจาสามารถวิ่งบนน้ำได้ หรือหายตัวได้ในชั่วพริบตา และตามข้อมูลจาก

จินิชิ คาวาคามิ"อาจารย์นินจาคนสุดท้ายของญี่ปุ่น ตามข้อมูลของพิพิธภัณฑ์นินจาอิงา-เรียว กล่าวว่า เรื่องแบบนั้นไม่มีทางเป็นไปได้ เพราะนินจาแม้จะผ่านการฝึกฝนหนักเพียงใด แต่พวกเขาก็ยังคงเป็นมนุษย์คนหนึ่ง

ปัจจุบันคาวากามิ ดำรงตำแหน่งเป็นหัวหน้าบ้านนินจา"บัน" ซึ่งเป็นหนึ่งใน 53 บ้านนินจา ที่รวมตัวกันเป็นตระกูลนินจา"โคกะ" เขาเริ่มการศึกษา"นินจุสสึ" หรือวิชาการต่อสู้ของนินจา เมื่อมีอายุได้ 6 ขวบ จากมาซาโอะ อิชิดะ ซึ่งเป็นอาจารย์ของเขา

คาวากามิเผยว่าตอนแรกเขาคิดว่าเป็นการฝึกเล่นๆและไม่ได้คิดว่าเป็นการฝึกวิชานินจาและคิดกระทั่งว่าเขาอาจถูกสอนให้เป็นขโมย เพราะนอกจากการสอนให้เดินย่องเบาแล้ว เขายังต้องเรียนรู้วิชาการแอบเข้าบ้านคน  และรวมถึงวิชาทำระเบิดและผสมยา กระทั่งปัจจุบันเขายังสามารถผสมสมุนไพรต่างๆที่สามารถก่อให้เกิดพิษที่ไม่ทำให้ถึงแก่ความตาย  แต่มันจะลวงให้คนเชื่อว่าพวกเขากำลังป่วยเป็นโรคที่ไม่มีทางรักษา

แต่เดิมที มีตระกูลนินจาในญี่ปุ่นกว่า 49 ตระกูล แต่ตระกูลโคกะ และ"อิงะ" ยังคงหลงเหลือเป็นสองตระกูลสุดท้าย เนื่องจากได้ทำงานรับใช้โทะกุงะวะ อิเอะยะซุ ไดเมียวคนสำคัญ ที่สามารถสร้างความเป็นปึกแผ่นให้แก่ญี่ปุ่นหลังตกอยู่ในสภาพสงครามกลางเมืองมานานหลายร้อยปี หลังจากได้รับชัยชนะในสงครามที่เซะกิงะฮะระเมื่อปี 1600  อิเอะยะซุแต่งตั้งตนเองเป็นโชกุนคนแรกแห่งตระกูลโทะกุงะวะ ผู้สถาปนาบะคุฟุ หรือรัฐบาลทหาร ที่เมืองเอโดะ (กรุงโตเกียวในปัจจุบัน) ซึ่งตระกูลนี้ปกครองญี่ปุ่นจนถึงปีค.ศ. 1868 และในช่วงนี้เองที่มีการกล่าวถึงกิจกรรมของนินจาในเอกสารราชการ

คาวากามิกล่าวว่า นินจาไม่ได้ทำหน้าที่เป็นนักฆ่าแต่เพียงอย่างเดียวตามที่คนทั่วไปตามที่หนังทำให้เข้าใจเท่านั้น เพราะความจริงแล้วพวกเขาก็ต้องหาเลี้ยงชีพเช่นคนปกติทั่วไป ทั้งเกษตรกรหรือพ่อค้าเร่ ซึ่งในช่วงนั้นเอง ที่รัฐบาลตระกูลโทะกุงะวะมีการแบ่งชั้นนินจาออกเป็น 4 กลุ่ม ได้แก่ นักรบ เกษตรกร ช่างฝีมือ และพ่อค้า

ขณะที่คาวางามิ นินจาในศตวรรษที่ 21 ทำงานเป็นวิศวกร ที่ต้องสวมสูทเช่นมนุษย์เงินเดือนทั่วไปในญี่ปุ่น

อย่างไรก็ดี สมญานาม"นินจาคนสุดท้าย" อาจไม่ใช่ตกเป็นของเขาคนเดียว เนื่องจากมาซึอะกิ ฮะซึมิ  กล่าวว่า เขายังคงดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าสำนักนินจาลำดับที่ 34 ที่ยังคงหลงเหลือกระทั่งปัจจุบันอย่าง "โทงะกุเระ"

ฮะซึมิเป็นผู้ก่อตั้งองค์กรด้านศิลปะป้องกันตัวนานาชาติที่รู้จักกันในชื่อ"บูจินกัน"หรือ"โรงฝึกนักรบเทพ" ที่มีสมาชิกกว่า 300,000 คนทั่วโลก เขากล่าวว่า ในบางประเทศมีการฝึกสอนให้กับเจ้าหน้าที่ทหารและตำรวจ

โรงฝึกหลักของบูจินกัน หรือ ในชื่อบูจิเด็น ตั้งอยู่ที่เมืองโนดะ ในจังหวัดชิบะ  เมืองเล็กๆที่ไม่มีใครคิดว่าจะมีชาวต่างชาติมาเยือน โรงฝึกซึ่งมีพื้นที่ขนาดใหญ่เพียงพอสำหรับวางเสื่อตาตามิได้ถึง 48 ผืน เต็มไปด้วยผู้ฝึกที่มีสมาธิจดจ่ออยู่กับลีลาท่าทางของอาจารย์ฮะซึมิ ที่ส่วนใหญ่เป็นการต่อสู้ที่ไร้อาวุธ

พอล ฮาร์เปอร์ หนึ่งในผู้ฝึกที่เดินทางมาไกลจากอังกฤษ เปิดเผยว่า เขาเดินทางมาที่นี่ปีละ 2-3 ครั้งทุกปี ติดต่อกันเกือบ 3 ปีแล้ว ก่อนหน้านี้ เขาได้เรียนวิชาคาราเต้ และได้เห็นนิตยสารศิลปะการป้องกันตัวที่กล่าวถึงบูจินกัน ทำให้เกิดความสนใจศึกษาอย่างจริงจัง และพบว่า มันเป็นศิลปะที่มีความซับซ้อนและค่อนข้างสมบูรณ์กว่าศิลปะการต่อสู้แบบอื่น

ชื่อเสียงของอาจารย์ฮะซึมิไม่ได้โด่งดังเฉพาะในกลุ่มผู้สนใจเท่านั้นแต่ยังไปแตะตาผู้สร้างภาพยนตร์หลายราย กระทั่งได้ถูกว่าจ้างให้เป็นที่ปรึกษาด้านศิลปะการป้องกันตัว อาทิ ภาพยนตร์ชุดเจมส์ บอนด์ เรื่อง You Only Live Twice

ทั้งจินิชิ คาวาคามิ และมาซึอะกิ ฮะซึมิ ต่างมีจุดร่วมที่เห็นพ้องกันประการหนึ่งคือ จะไม่มีใครการแต่งตั้งใครคนใดคนหนึ่งขึ้นเป็นปรมาจารย์ด้านนินจาเด็ดขาด

คาวากามิกล่าวว่า ในสมัยสงครามกลางเมืองหรือสมัยเอโดะ นินจาต้องมีความสามารถในการเป็นสายลับ สังหารคน หรือกระทั่งการผสมยา แต่ในยุคปัจจุบัน ที่เต็มไปด้วยอาวุธปืน อินเตอร์เน็ต และยาที่หลากหลายมากกว่า ทำให้วิชานินจาโบราณแทบไม่มีที่ทางในสังคมสมัยใหม่อีกต่อไป  ผลก็คือเขาได้ยุติการสืบต่อมรดกดังกล่าว และหันไปเป็นอาจารย์พิเศษเพื่อสอนวิชาประวัติศาสตร์นินจาในมหาวิทยาลัยมิเอะแทน

เช่นเดียวกับอาจารย์ฮะซึมิแม้จะมีลูกศิษย์มากมายแต่เขาก็ตัดสินใจที่จะไม่เลือกทายาทเพื่อสืบทอดวิชานี้ต่อไป โดยกล่าวว่า นักเรียนของท่านจะยังคงฝึกวิชาและเทคนิคการต่อสู้ที่ใช้โดยนินจาต่อไป แต่จะไม่มีบุคคลที่ถูกกำหนดให้เป็นผู้สืบทอดตระกูลอีก

นินจาจะไม่เป็นสิ่งที่ถูกลบเลือน แต่ก็มีความหวั่นเกรงกันว่า มันจะถูกจดจำในรูปแบบของตัวละครในหนัง ละคร การ์ตูน หรือเกมคอมพิวเตอร์เท่านั้น หรือเป็นเพียงสถานที่ท่องเที่ยวเท่านั้น

พิพิธภัณฑ์นินจาที่เมืองอิงะต้อนรับนักท่องเที่ยวจากทั่วโลกซึ่งจะมีกลุ่มผู้ที่ได้รับการฝึกมาแล้ว หรือ อาชูระ คอยต้อนรับนักท่องเที่ยวด้วยการโชว์ลีลาท่าทางแบบนินจาที่น่าตื่นเต้น ที่มีความแตกต่างกับนินจุสสึ ซึ่งเป็นศิลปะที่ต้องอาศัยความเงียบและสมาธิโดยสิ้นเชิง

บางทีความลึกลับของนินจา อาจล่วงลับไปก่อนการสิ้นสูญของนินจาคนสุดท้ายไปแล้วก็เป็นได้