ขนาดตัวของปูมะพร้าวนั้นหลากหลาย ตัวเต็มวัยของปูมะพร้าวสามารถเจริญเติบโตจนมีน้ำหนัก 4 กิโลกรัม และความยาวของลำตัว 40 เซนติเมตร แต่ถ้านับรวมช่วงขาแล้วจะยาวถึง 1 เมตรได้ทีเดียว โดยทั่วไปตัวผู้จะมีขนาดใหญ่กว่าตัวเมีย มีรายงานว่ามีการพบปูมะพร้าวที่หนักถึง 17 กิโลกรัม และมีความยาวของลำตัว 1 เมตร ซึ่งเป็นที่เชื่อว่านี่คือขนาดตัวที่ใหญ่ที่สุดที่เป็นไปได้ของสัตว์ขาปล้อง ที่อยู่บนบก ปูมะพร้าวมีอายุประมาณ 30-60 ปี

ลำตัวของปูมะพร้าวก็เหมือนกับสัตว์ทศบาททั่วไป คือประกอบด้วยส่วนหัวอก (เซฟาโลโทแรกซ์) และส่วนท้อง ที่มี 10 ขา ขาคู่หน้าสุดของปูมะพร้าวเป็นก้ามขนาดใหญ่ ใช้สำหรับเจาะลูกมะพร้าว และสามารถยกน้ำหนักได้ถึง 29 กิโลกรัม ขาอีกสามคู่ถัดมามีลักษณะคล้ายแหนบ ใช้สำหรับเดินและปีนป่าย (ปูมะพร้าวสามารถใช้ขาทั้งสามคู่นี้ไต่ต้นมะพร้าวได้สูงถึง 6 เมตร) ส่วนขาคู่สุดท้ายนั้นเล็กมาก ใช้สำหรับทำความสะอาดอวัยวะหายใจ ขาคู่นี้มักจะอยู่ในกระดองตรงช่องที่บรรจุอวัยวะหายใจ

แม้ปูมะพร้าวจะวิวัฒนาการมาจากปูเสฉวน แต่มีเพียงตัวอ่อนของปูมะพร้าวเท่านั้นที่ต้องการเปลือกหอยมาปกป้องส่วนท้อง ตัวเต็มวัยของปูมะพร้าวสามารถสร้างส่วนท้องที่แข็งแรงขึ้นได้ด้วยไคติน และชอล์ค เปลือกแข็งที่ส่วนท้องนี้ช่วยป้องกันอันตรายและลดการเสียน้ำบนพื้นดิน ปูมะพร้าวจะลอกคราบเปลือกแข็งนี้ทุกๆ ช่วงเวลาหนึ่ง (ประมาณ 1 ปี) การลอกคราบครั้งหนึ่งใช้เวลาประมาณ 30 วัน โดยช่วงที่ลอกคราบเสร็จใหม่ๆ ส่วนท้องของปูมะพร้าวจะอ่อนแอ และต้องการการป้องกัน

ปูมะพร้าวมีอวัยวะพิเศษสำหรับหายใจ เรียกว่า branchiostegal lung อวัยวะนี้อาจกล่าวได้ว่าเป็นครึ่งเหงือกครึ่งปอด ตั้งอยู่ด้านหลังของส่วนหัวอก มีเนื้อเยื่อคล้ายเหงือก แต่เนื้อเยื่อนี้ทำหน้าที่แลกเปลี่ยนก๊าซจากในอากาศ ไม่ใช่ในน้ำ ปูมะพร้าวมีเหงือกอยู่เหมือนกัน แต่เหงือกนี้ก็ไม่สามารถรับออกซิเจนได้มากนัก จึงไม่มีประโยชน์อะไร เหงือกนี้น่าจะเป็นสิ่งหลงเหลือจากวิวัฒนาการมากกว่า ปูมะพร้าวจึงว่ายน้ำไม่เป็น และอาจจะจมน้ำตายได้ถ้าอยู่ในน้ำนานๆ