ภาพยนตร์เรื่อง "ตำนานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ภาค 3 - ยุทธนาวี" สร้างสถิติใหม่ ในการทำรายได้สูงสุดทั่วประเทศ ในวันแรก ที่เข้าฉาย 31 มีนาคม รวม 20.5 ล้านบาท ลบสถิติของภาพยนตร์ต่างประเทศ ที่มีรายได้สูงสุดจากวันแรกที่เข้าฉายในประเทศไทย เรื่อง "2012" ทำรายได้ 20.1 ล้านบาท และภาพยนตร์ไทยคือ "ตำนานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช" ภาค 2 และภาค 1 ทำสถิติรายได้สูงสุด ไว้ที่ 16.6 ล้านบาท และ 12.3 ล้านบาท ตามลำดับ
สำหรับยอดรายได้ของ "ตำนานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ภาค 3 - ยุทธนาวี" ในช่วง 4 วันแรกที่เข้าฉาย (31 มี.ค. - 3 เม.ย.) ทะลุกว่า 100 ล้านบาท จากทุกโรงภาพยนตร์ทั่วประเทศ โดยเป็นส่วนของกรุงเทพฯ 79 ล้านบาท และต่างจังหวัดอีกกว่า 21 ล้านบาท และยังคงมีกระแสการตอบรับที่ดีอย่างต่อเนื่อง