ในพระราชพงศาวดารบันทึกเรื่องราวไว้ว่า
"ครั้น ต่อมาถึงเดือน ๑ ปีฉลู (พ.ศ.๒๔๐๘) ทรงพระประชวรมากไป กลีบมารดาทำเครื่องแกงก๋วยเตี๋ยวให้เจ้าพนักงานตั้งถวาย พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าฯ ทรงเสวยได้ ๒ ฉลองพระหัตถ์ (๒คำ) ทรงเห็นเป็นขนอยู่ในชามพระเครื่องแกงก๋วยเตี๋ยว"
พงศาวดารไม่ได้บันทึก ว่าเมื่อทรงเห็น "เป็นขน" แล้ว สืบสาวราวเรื่องขึ้นมา หรือปล่อยไว้เฉยๆ แต่คิดว่าน่าจะมีการทำอะไรสักอย่าง คงไม่ปล่อยไว้อย่างนั้น พงศาวดารมาบันทึกอีกที ก็เมื่อเหตุการณ์ผ่านไปประมาณ ๑ เดือน
"ครั้น ณ วันจันทร์ เดือน ๒ ขึ้น ๑ ค่ำ ปีฉลู พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ เสด็จฯขึ้นไปเยี่ยมประชวร พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าฯ จึงกราบบังคมทูลว่า ทรงประชวร ครั้งนี้ มีความสงสัยในกลีบทำเสน่ห์ยาแฝดจึงทรงประชวรมากไป ขอรับพระราชทานข้าทูลละอองธุลีพระบาทในพระบรมมหาราชวัง เป็นตระลาการชำระให้ได้ความจริง พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ จึงทรงมีพระบรมราชโองการดำรัสสั่งให้ พระยามณเฑียรบาล พระยาอนุชิตชาญไชย พระยาบริรักษราชา พระยาอัษฎาเรืองเดช พระพรหมธิบาลพระพรหมสุรินทร์ เป็นตระลาการชำระ"
สมเด็จพระปิ่นเกล้าฯ ท่านไม่เอาตระลาการวังหน้ามาชำระอีกแล้ว คงจะไม่ไว้วางพระทัย หรือไม่ก็โดนขังกันไปทั้งชุดเลย เพราะชำระครั้งก่อนตัดสินว่าไม่ผิด ท่านทูลขอตระลาการจากวังหลวงมาทั้งชุด ชุดใหม่นี้ก็สอบสวนทำคดี ตัดสินออกมาว่าทำเสน่ห์ยาแฝดจริง สืบได้ด้วยว่ามีใครเป็นผู้สอนให้ทำ คือ "อ้ายช้าง อ้ายขนานแดง อ้ายโสม เป็นครู"
เมื่อได้ความ จึงให้ลูกขุนปรึกษาโทษว่า กลีบมารดา มีพระองค์เจ้าถึง ๑๒ พระองค์ ไม่มีความกตัญญูรู้พระเดชพระคุณมาคิดทรยศ อนึ่งอ้ายช้าง อ้ายโสม อ้ายขนานแดง ผู้เป็นครู น้อย แย้ม ขำ จ่าการประกอบกิจ ซึ่งเป็นญาติและรู้เห็นด้วย รวมทั้งสิ้น ๘ คน (ทั้ง ๘ คนนี้) ให้รับราชบาตรลงพระราชอาชญาเฆี่ยน แล้วให้ไปประหารชีวิตเสีย แต่พระยาพิไชยบุรินทรา จมื่นศรีบริรักษ์ หลวงเสนาพลสิทธิ์ เป็นแต่นายประกันทำตามพระราชอัธยาศัย ไม่ได้รู้เห็นเป็นใจด้วย ให้ถอดเสียจากที่ลงพระราชอาชญาจึงส่งไปคุก
ยังอ้ายจันชุม อียา อีสุข อีอ่วม อีสุด อีป้อมก้อน อียิ้มแก้ว อีหนู ไม่ได้เป็นบ่าวทาส มารับอาสาให้กลีบมารดาใช้ และรู้เห็นด้วย ให้ลงพระราชอาญาเฆี่ยนแล้วส่งไปจำไว้ ณ คุก
ครั้นลูกขุนปรึกษาโทษแล้ว ก็ทรงพระประชวรหนักลงถึงสวรรคต"
ตั้งแต่ วันโปรดเกล้าฯให้ตระลาการชำระ (วันที่ ๑๙ ธันวาคม ๒๔๐๔) ถึงวันสวรรคต (วันที่ ๗ มกราคม ๒๔๐๘) เป็นเวลาเพียง ๑๙ วัน คนโทษเหล่านี้จึงยังไม่ทันรับพระราชอาญา เพียงแต่จำคุกเอาไว้ก่อน
จากนั้นเมื่อถวายพระเพลิงพระบรมศพสมเด็จพระปิ่นเกล้าฯ เรียบร้อยแล้ว พระราชพงศาวดาร เก็บความเรื่องนี้ถึงตอนจบว่า
"พระ บาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ จึงทรงพระราชดำริ สงสัยคลางแคลงอยู่ว่าการจะไม่จริง จึงทรงพระราชหัตถเลขาให้เนรเทศกลีบมารดา และญาติคือท้าวพิพัฒน์โภชา และขำ ภรรยาพระพรหมธิบาล ซึ่งเป็นญาติของเจ้าจอมมารดากลีบ ไปอยู่เสียเมืองสุโขทัย อ้ายโสม อ้ายช้าง อ้ายขนานแดง หมอ ให้ส่งไปจำคุก จ่าการประกอบกิจ กับน้อย โปรดฯให้ยกโทษเสียปล่อยไป ส่วนพระยาพิไชยบุรินทรา หลวงเสนาพลสิทธิ์ จมื่นศรีบริรักษ์ ก็โปรดฯให้พ้นจากเวรจำ มิได้ตั้งขึ้นรับราชการอีก"
"ทั้ง ๓ ท่านนี้ หากพิจารณาแล้ว ดูๆก็น่าสงสารอยู่ไม่น้อย เพราะที่กล้าเสี่ยงเอาชีวิตเข้าประกันก็ด้วยจงรักภักดีต่อเจ้านาย สงสารว่าท่านเสวยพระกระยาหารไม่ได้ แต่กลับมาพลอยต้องโทษ หรือบางทีอาจเป็นด้วยท่านคุ้นเคยนับถือกันกับเจ้าจอมมารดากลีบ ก็เป็นได้ เพราะเจ้าจอมมารดากลีบเป็นพระสนมเอกแต่ผู้เดียวที่ได้ขึ้นเฝ้าอยู่บนพระที่ นั่งอิศเรศราชานุสรณ์ ซึ่งธรรมดาแล้ว โปรดประทับอย่างฝรั่ง มี 'บ๋อย' ผู้ชายเฝ้ารับใช้
ในพระราชพงศาวดาร ที่เรียกเจ้าจอมมารดากลีบว่า 'กลีบมารดา' นั้น เพราะเมื่อต้องโทษ ยศศักดิ์ก็ต้องถูกถอด 'เจ้าจอมมารดา' ถือว่าเป็นยศศักดิ์ เมื่อเรียก จึงเรียกแต่ 'กลีบมารดา' ตัดคำว่า 'เจ้าจอม' ออกเสีย
เช่นเดียวกับ เจ้านายเดิมทรงเป็นพระองค์เจ้าหรือหม่อมเจ้า หรือแม้แต่เจ้าฟ้า หากถูกลงพระราชอาญา 'ถอด' จากพระเกียรติยศ ตามธรรมเนียมต้องเรียกเจ้านายพระองค์นั้นว่า 'หม่อม'
เรื่องเจ้าจอม มารดากลีบนี้ ได้ยินผู้ใหญ่สมัยก่อนๆท่านพูดกันว่า ที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ ทรงแคลงพระทัยนั้น เพราะพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าฯ ทรงพระประชวรมาช้านานถึง ๔-๕ ปี จึงทรงสงสัยว่า จะทรงประชวรด้วยพระโรควัณโรคภายใน ซึ่งชาววังหลวงก็เป็นโรคเรื้อรังโรคนี้กันมาก โดยเฉพาะพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าฯ โปรดแปรพระราชฐานไปประทับตามต่างจังหวัด เช่นทางอีสาน ชลบุรี ซึ่งอาจจะไม่ถูกกับพระโรค หรือทำให้เป็นพระโรค ประการหนึ่ง
อีกประการหนึ่ง ที่ว่าทรงเห็นเส้นขนอยู่ในชามพระเครื่องนั้น เจ้าจอมมารดากลีบเป็นผู้ทำก็จริง แต่ก็มี เจ้าพนักงานเป็นผู้เชิญ ขึ้นถวาย คือต้องผ่านมือผู้อื่น อาจมีการกลั่นแกล้งกันก็เป็นได้
เพราะเจ้าจอม มารดากลีบเป็นเจ้าจอมที่ทรงโปรดปรานออกหน้าออกตายิ่ง กว่าผู้อื่นมาช้านาน จนมีพระโอรสธิดาถึง ๑๒ พระองค์ อาจเกิดการอิจฉาริษยากลั่นแกล้ง ด้วยในวังหน้านั้นมีเจ้าจอมพระสนมมากมาย
"ท่านเสด็จไปหัวบ้านด้านเมืองที่ใด ก็ได้ลูกสาวเจ้าบ้านผ่านเมืองแลกรมการมาทุกที..."
(จากพระราชหัตถเลขา พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ พระราชทานไปยังราชทูต พ.ศ.๒๔๑๖)
ดัง นั้น เมื่อเสร็จงานพระเมรุ พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าฯแล้ว จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ 'ยกประโยชน์ให้แก่จำเลย' พระราชทานอภัยโทษมิได้ประหารชีวิต
เจ้าจอมมารดากลีบนั้น เข้าใจกันว่า คงจะเป็นธิดาของเจ้าบ้านผ่านเมือง หรือกรมการเมือง หรือบิดาเป็นผู้มีเชื้อสาย เมืองสุโขทัย เมื่อพระราชทานอภัยโทษแล้ว จึงโปรดฯให้ไปอยู่ ณ เมืองสุโขทัย"